Számítógépes laboratórium

Labor felelős: Dr. Jákli Imre

Munkatársak: Dr. Hudáky Ilona, Dr. Jákli Imre, Dr. Náray-Szabó Gábor, Kovács Bertalan, Papp Dóra

Alkalmazott módszereink között megtalálhatók a bioinformatikai és adabányászat, a molekulamodellezés és alkalmazott kvantumkémia ismertebb és egzotikusabb módszerei. Különböző alfa- és béta-aminosavak, oligo- és polipeptidek, valamint rövidebb fehérjék konformáció analízisét, spektroszkópiai (pl. IR, NMR) paramétereit, dinamikus eloszlásait stb. határozzuk meg az egyszerűbb erőtér, vagy akár a nagyobb számításigényű ab initio módszerek segítségével. A tudományos feladat tükrében alkalmasint erőterek paraméterezését, új algoritmusok kidolgozását, vagy akár teljes programcsomag (pl. CCA+) készítését végezzük el.

Laboratórium hírei

  • A talán leghosszabb ab initio számolt alfa-hélix?

    A Chemical Physics Letters legujabb számában érdekes eredmények olvashatók az alfa hélix stabilitásáról és kompaktságáról és arról hogy mi is a feltekeredésének hajtóereje.

    Abra1

Közlemények

  • Pohl G , Jákli I , Csizmadia IG , Papp D , Matías GF , Perczel A
    The role of entropy in initializing the aggregation of peptides: A first principle study on oligopeptide oligomerization
    PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 14:(4) pp. 1507-1516. (2012) Kivonat
  • Pohl G , Beke-Somfai T , Csizmadia IG , Perczel A
    Exploiting diverse stereochemistry of b-amino acids: Toward a rational design of sheet-forming b-peptide systems
    AMINO ACIDS 43:(2) pp. 735-749. (2012) Kivonat
  • Dániel Süveges , Zoltán Gáspári , Gábor Tóth , László Nyitray
    Charged single α-helix: a versatile protein structural motif
    Proteins 74:905-916. (2009) Kivonat
  • Jákli I , Knak Jensen SJ , Csizmadia IG , Perczel A
    Variation of conformational properties at a glance. True graphical visualization of the Ramachandran surface topology as a periodic potential energy surface
    CHEMICAL PHYSICS LETTERS 547: pp. 82-88. (2012) Kivonat
  • Westler WM , Lin IJ , Perczel A , Weinhold F , Markley JL
    Hyperfine-Shifted (13)C Resonance Assignments in an Iron-Sulfur Protein with Quantum Chemical Verification: Aliphatic C-H center dot center dot center dot S 3-Center-4-Electron Interactions
    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 133:(5) pp. 1310-1316. (2011)