Published 2024. december 31., kedd, 17:23
Source https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c01479
Az amiloidképző fehérjékben rövid szegmensek, amiloidogén régiók azonosíthatóak, amelyek képesek a nagy β-redő szendvics struktúrák kialakulását megindítani. Az önszerveződésük és amiloidogenicitásuk megértéséhez fontos lépés a β-redő kölcsönhatási felszíneinek szerkezeti elemzése. Kifejlesztettünk egy számítási eszközt (a PyMOL programmal használható ACW plugin), az amiloid oligopeptid kristályszerkezetek megjelenítésére és összehasonlító elemzésére, és a PDB-ből származó amiloid oligopeptidek adatbázisát vizsgáltuk vele. Eredményeink szerint a parallel β-redős szerkezetekben jobb az alak szerinti komplementaritás és a felszínek egymásba ágyazottsága is, ami összefüggésbe hozható a gyakoribb előfordulásukkal. Publikációnk a Journal of Chemical Information and Modeling folyóiratban jelent meg.
