Published 2026. augusztus 23., vasárnap, 08:00
Source https://doi.org/10.1021/acs.jcim.6c01376
Kidolgoztunk egy új számítógépes eljárást (ACWF, Amyloid Coordinate Wizard Fibril), amivel elemezhető és megjeleníthető az amiloid fibrillumok térszerkezete. A kidolgozott hierarchikus klaszterezési módszer lehetővé teszi a polimorfok szerkezeti családokba sorolását és a kórképspecifikus szerkezeti különbségek azonosítását. Az ívekkel tagolt béta-redős amiloid szerkezetben sztérikus cipzárak biztosítják az oldószerkizárását - ezekben a komplementer molekulafelszínek illeszkedésének mértékét, területét és egymásba ágyazottságát három paraméterrel jellemezték. A paraméterek segítségével azonosították a szerkezeti gócpontokat alkotó aminosavakat, amik minden szerkezeti családban eltérő mintázatot alkotnak. Ezzel a keretrendszerrel jobban megérthető, hogyan fejlődnek a molekuláris szintű kölcsönhatások komplex patogén formációkká, és hogyan változik a cipzár-régió lokálisan, miközben kompaktabb struktúrák jönnek létre az amiloidok érése során.
A publikáció a Journal of Chemical Information and Modeling folyóiratban jelent meg. Az ACWF adatbázis és elemző progam elérhető Pymol pluginként, itt (link)