Számítógépes laboratórium
Galléria: Számítógépes laboratórium
Labor felelős: Dr. Jákli Imre
Munkatársak: Dr. Jákli Imre, Dr. Karancsiné Dr. Menyhárd Dóra, Dr. Náray-Szabó Gábor, Kelemen Ádám
Alkalmazott módszereink között megtalálhatók a bioinformatikai és adabányászat, a molekulamodellezés és alkalmazott kvantumkémia ismertebb és egzotikusabb módszerei. Különböző alfa- és béta-aminosavak, oligo- és polipeptidek, valamint rövidebb fehérjék konformáció analízisét, spektroszkópiai (pl. IR, NMR) paramétereit, dinamikus eloszlásait stb. határozzuk meg az egyszerűbb erőtér, vagy akár a nagyobb számításigényű ab initio módszerek segítségével. A tudományos feladat tükrében alkalmasint erőterek paraméterezését, új algoritmusok kidolgozását, vagy akár teljes programcsomag (pl. CCA+) készítését végezzük el.
Laboratórium hírei
-
A talán leghosszabb ab initio számolt alfa-hélix?
A Chemical Physics Letters legujabb számában érdekes eredmények olvashatók az alfa hélix stabilitásáról és kompaktságáról és arról hogy mi is a feltekeredésének hajtóereje.
Közlemények
-
Pohl G , Jákli I , Csizmadia IG , Papp D , Matías GF , Perczel A
The role of entropy in initializing the aggregation of peptides: A first principle study on oligopeptide oligomerization
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 14:(4) pp. 1507-1516. (2012) Kivonat -
Pohl G , Beke-Somfai T , Csizmadia IG , Perczel A
Exploiting diverse stereochemistry of b-amino acids: Toward a rational design of sheet-forming b-peptide systems
AMINO ACIDS 43:(2) pp. 735-749. (2012) Kivonat -
Dániel Süveges , Zoltán Gáspári , Gábor Tóth , László Nyitray
Charged single α-helix: a versatile protein structural motif
Proteins 74:905-916. (2009) Kivonat -
Jákli I , Knak Jensen SJ , Csizmadia IG , Perczel A
Variation of conformational properties at a glance. True graphical visualization of the Ramachandran surface topology as a periodic potential energy surface
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 547: pp. 82-88. (2012) Kivonat -
Westler WM , Lin IJ , Perczel A , Weinhold F , Markley JL
Hyperfine-Shifted (13)C Resonance Assignments in an Iron-Sulfur Protein with Quantum Chemical Verification: Aliphatic C-H center dot center dot center dot S 3-Center-4-Electron Interactions
JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 133:(5) pp. 1310-1316. (2011)